- Perkataan KUIJSI pada logo adalah ringkasan kepada Kolej Universiti Islam Johor Sultan Ibrahim
- Tulisan khat bahasa arab “Al-Kuliyyah Al-Jami’iyyah Al-Islamiyyah Biwilayati Johor Al-Sultan Ibrahim” yang bermaksud Kolej Universiti Islam Johor Sultan Ibrahim
- Logo Majlis Agama Islam Negeri Johor (MAINJ) adalah merujuk kepada KUIJSI sebagai sebuah anak syarikat MAINJ
- Kitab Berwarna Kuning melambangkan ilmu pengetahuan yang ditimba dari sumber yang asal
- Bulan Sabit menjadi simbol keagungan Islam
- Bintang Berbucu Lapan melambangkan pengajian yang mengikut manhaj Universiti Al- Azhar khususnya
- Lingkaran Tali pada keseluruhan logo bermaksud pertalian yang kukuh antara KUIJSI, Universiti Al – Azhar, negeri Johor Darul Ta’zim dan ajaran Islam
- 6 Bucu Hexagon melambangkan 6 perkara dalam Rukun Iman. Struktur hexagon mengambil rujukan dari falsafah sarang lebah. Ia mempunyai struktur yang kukuh, teguh, seimbang dalam membentuk kehidupan manusia dan mempelajari agama Islam. Justeru KUIJSI melahirkan generasi MUSLIH
Warna:
- Putih – Melambangkan kesucian.
- Kuning – Melambangkan kedaulatan sultan bagi jajahan takluk negeri Johor Darul Ta’zim.
- Biru – Melambangkan perpaduan matlamat dan wawasan.
- Merah – Melambangkan perjuangan dalam mempertahankan agama, bangsa dan negara.
M.U.S.L.I.H
M – Mapan U – Unggul S – Sejahtera L – Luhur I – Integriti H – Hikmah