Pengenalan
Sistem pendidikan Islam di negeri Johor Darul Ta’zim bermula sejak tahun 1923 lagi. Ianya terus berkembang hingga sekarang melalui sekolah agama kerajaan negeri Johor. Kemudian satu sistem pendidikan agama di peringkat rendah yang lebih sistematik telah diperkenalkan melalui penubuhan Sekolah Rendah Agama Bersepadu (SRAB).
Seterusnya pendidikan agama di peringkat menengah juga dibangun dan dikembangkan. Boleh dikatakan sistem pendidikan agama di negeri Johor baik di peringkat rendah mahu pun di peringkat menengah telah pun mantap dan berjaya mengeluarkan pelajar yang berkelayakan untuk melanjutkan pengajian di peringkat tinggi. Bagi menampung permintaan pelajar lepasan menengah untuk melanjutkan pengajian di peringkat tinggi, MARSAH telah ditubuhkan sebagai kesinambungan dan pelengkap kepada sistem pendidikan agama Islam di negeri Johor.
Sejarah awal Kolej Pengajian Islam Johor (MARSAH) sebagai pusat pengajian tinggi Islam dan bahasa Arab telah wujud pada tahun 1997 apabila Majlis Agama Islam Johor telah membuat keputusan meningkatkan lagi taraf pengajian di Maahad Johor kepada pengajian tinggi Islam dengan mengekalkan kedudukan Maahad Johor sebagai sekolah menengah tinggi dan MARSAH sebagai IPT.
Pada 17 Jun 1997 satu memorendem persefahaman dalam bidang akademik dan kebudayaan di antara Majlis Agama Islam Johor dan Universiti Al-Azhar telah ditandatangani bagi membolehkan pusat pengajian ini ditubuhkan untuk mengendalikan program dan kursus-kursus KuliahAl-Dirasat Al-Islamiah Wa Al-Arabiah Universiti Al-Azhar di MARSAH.
Pada 4 November 1997 MARSAH telah memulakan kursus pengajian Syariah Islamiah dengan bilangan pelajar seramai 42 orang bertempat di bangunan Maahad Johor. Pada 5 Julai 2000 MARSAH mendapat pengiktirafan dari Universiti Al-Azhar bagi pengajian Diploma Syariah Islamiah dan Usuluddin.